Tuy nhiên, do tập quán canh tác lâu đời và các yếu tố khách quan khác, việc áp dụng quy trình kỹ thuật canh tác vào thực tiễn sản xuất của người nông dân còn nhiều hạn chế. một số loại sâu bệnh hại (nhện đỏ, ruồi đục quả, bệnh chảy gôm…) đang phát triển mạnh là nhân tố đe doạ sự phát triển cây Thanh trà ở Thừa Thiên Huế. Bên cạnh đó trong điều kiện khí hậu biến đổi bất thường, hạn hán, bão lũ thường xuyên xảy ra làm cho việc sản xuất cây bưởi Thanh trà tiềm ẩn nhiều rủi ro.

Năm 2020 nhiều cơn bão và mưa lũ lớn kéo dài, đã làm ảnh hưởng rất lớn đến đời sống, sản xuất của người nông dân trong đó có những người trồng  bưởi Thanh Trà. Ở Hương Vân, nhiều vườn cây bưởi Thanh Trà đang phát triển tươi tốt đã bị đổ gãy, nhấn chìm trong mưa lũ, sau khi lũ rút đi để lại những vườn cây xác xơ, thậm chí nhiều vườn bị chết toàn bộ gây thiệt hại rất lớn cho bà con nông dân. Theo số liệu báo cáo của địa phương, trong tổng số 155 ha bưởi Thành trà của phường có đến trên 130 ha bị ảnh hưởng do bão lũ, trong đó diện tích bị chết hoàn toàn khoảng 40 ha.

Nhằm khắc phục thiệt hại do lụt, bão gây ra các ban ngành từ Trung ương đến địa phương đã kịp thời thăm hỏi động viên, hỗ trợ vật chất và tinh thần tạo điều kiện để người dân khôi phục lại vườn cây, khắc phục khó khăn, ổn định sản xuất và đời sống. Ngay sau bão lũ, ngày 19 tháng 11 năm 2020 Bộ Nông nghiệp và PTNT đã cử đoàn cán bộ kỹ thuật thuộc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và Trung tâm Khuyến nông Quốc gia đến khảo sát hiện trạng của cây ăn quả bị ảnh hưởng,  phối hợp với địa phương hướng dẫn kỹ thuật, hỗ trợ các vật tư thiết yếu khôi phục vườn cây bưởi Thanh Trà. Ngoài ra, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia đã phối hợp với Trung tâm Khuyến nông Thừa Thiên Huế tổ chức các lớp tập huấn kỹ thuật tại hiện trường để hướng dẫn các biện pháp kỹ thuật phục hồi các vườn cây. tổ chức Tọa đàm “Bàn biện pháp phục hồi cây bưởi Thanh Trà sau bão, lũ”.

Nhờ vậy, những vườn bưởi Thanh Trà  đang thời kỳ kiến thiết cơ bản còn lại sau bão lũ  phục hồi khá nhanh, cây sinh trưởng và phát triển tốt. Tuy nhiên, những vườn bưởi đang thời kỳ kinh doanh tỷ lệ ra hoa đậu quả thấp, trái phát triển chậm. Một số diện tích cây vẫn tiếp tục chết do bộ rễ không hồi phục được hoặc có phục hồi được nhưng rất yếu.

Để khắc phục tình trạng trên với sự hỗ trợ từ Trung tâm Khuyến nông Quốc gia, từ tháng 6 năm 2021 Trung tâm Khuyến nông tỉnh Thừa Thiên Huế triển khai mô hình thâm canh khôi phục vườn bưởi Thanh trà đang trong thời kỳ kinh doanh có độ tuổi từ 5-15 năm bị ngập úng sau bão lũ với quy mô 30 ha ở các địa phương Phong Thu (Phong Điền), Thủy Biều (thành phố Huế), Hương Vân (thị  xã Hương Trà) nhằm mục tiêu  để cây sinh trưởng ổn định, phát triển cành nhánh để hoàn chỉnh tán lá, phục hồi bộ rễ;  tiến tới thâm canh tăng năng suất và chất lượng bưởi Thanh Trà trong những năm sau.

Các hoạt động của mô hình bao gồm Tập huấn các biện pháp kỹ thuật đồng bộ trong thâm canh nhằm khôi phục vườn bưởi Thanh trà bị ảnh hưởng do bão, lũ trong đó tập trung hướng dẫn cho người nông dân sử dụng một số chế phẩm sinh học và các biện pháp kỹ thuật để phục hồi rễ; cắt tỉa, tạo hình, tạo tán giúp cây sinh trưởng ổn định, phát triển cành nhánh để hoàn chỉnh tán lá. Hỗ trợ các loại vật tư thiết yếu; chế phẩm sinh học… hướng dẫn, tổ chức thực hiện  đồng bộ các biện pháp kỹ thuật thâm canh như tỉa cành, tạo tán, sử dụng các loại phân bón  hữu cơ sinh học, phân hữu cơ vi sinh, chế phẩm sinh họcơ tổ chức Hội nghị sơ kết để đánh giá hiệu quả của các giải pháp kỹ thuật đã thực hiện trong thời gian qua để điều chỉnh hợp lý, chia sẻ những giải pháp kỹ thuật mang lại hiệu quả tốt để người dân tiếp tục ứng dụng trong thời gian tới. Đây thực sự là hoạt động thiết thực, kịp thời; góp phần động viên, khuyến khích người dân Hương Vân khôi phục lại đặc sản bưởi Thanh trà Huế trong tương lai.