Trên cây Bưởi Thanh trà, có rất nhiều bệnh do các loại nấm gây ra như bệnh muội đen ( Bồ hóng ), thán thư... trong đó bệnh chảy gôm thường gây thiệt hại lớn cho người trồng thanh trà ở Thừa Thiên Huế . bệnh làm cho cây sinh trưởng còi cọc, không đủ dinh dưỡng nuôi quả nên quả đậu rất ít và nhỏ. Bệnh nặng có thể gây chết cây.

Chảy gôm (chảy nhựa) là bệnh do các loài vi khuẩn hoặc các loài nấm gây nên. Bệnh thể hiện với đặc trưng chảy nhựa ở những vết nứt nẻ trên vỏ thân, cành. Bệnh phát sinh và gây hại nặng ở các vườn trồng dày, cây ít được tỉa cành tạo tán, đất quá ẩm ướt; vườn không có rãnh thoát nước, nước mưa, nước tưới chảy tràn từ gốc nọ sang gốc kia. Các vườn có tuổi từ 8-12 năm trở lên thường bị bệnh nặng.Bệnh phát triển mạnh từ tháng 9 năm trước đến tháng 5 năm sau. Cao điểm của bệnh vào thời kỳ cây nở hoa và mang quả non. Nấm lây lan phát tán nhờ nước mưa và nước tưới. Cần thực hiện tốt các biện pháp sau đây để hạn chế bệnh chảy gôm trên cây bưởi Thanh trà:

1. Trồng với mật độ thích hợp để khi cây 8-12 tuổi vẫn đảm bảo độ thông thoáng, vườn không quá rậm rạp.

2. Hàng năm phải vệ sinh vườn tược, tỉa cành, tạo tán cho cây.

3. Làm các rãnh tiêu nước trong muà mưa, dẫn nước tưới trong mùa khô.

4. Bón cân đối đạm, lân và kali, đặc biệt chú ý bón đủ kali.

5. Dùng thuốc trừ bệnh có hoạt chất Fosetyl Aluminium như Alpine 80WP, pha nồng độ 1-3%, phun ướt đẫm toàn bộ tán lá, hoặc quét lên thân cây đều cho kết quả tốt. Từ tháng 9 đến tháng 12, mỗi tháng phun thuốc 1 lần; từ tháng 1 đến tháng 5 cứ 10-15 ngày phun thuốc một lần. Không nên hoà thuốc với nước rồi tưới vào gốc cây, hiệu quả không cao. Dùng vôi quét lên gốc cây từ mặt đất lên cao 1m, mỗi năm quét 2-3 lần.